Program Studi Magister Biologi menyelenggarakan enam minat studi yaitu:

1. Botani
2. Zoologi
3. Ekologi dan Biologi Konservasi
4. Mikrobiologi
5. Genetika dan Biologi Molekular
6. Biosains

Capaian pembelajaran (CP) Program Studi Magister Biologi disusun sesuai dengan ketentuan dalam SN DIKTI, serta kesetaraan level kualifikasinya dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI). Capaian pembelajaran dinyatakan sebagai kemampuan yang diperoleh melalui internalisasi pengetahuan, sikap, keterampilan, kompetensi, dan akumulasi pengalaman kerja. Capaian pembelajaran Program Studi Magister Biologi Fakultas Biologi UGM dinyatakan kedalam tiga unsur yakni sikap, pengetahuan, dan keterampilan yang terbagi dalam keterampilan umum dan khusus, sebagai berikut:

1. Sikap

• bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa dan mampu menunjukkan sikap religius;
• menjunjung tinggi nilai kemanusiaan dalam menjalankan tugas berdasarkan agama, moral, dan etika;
• berkontribusi dalam peningkatan mutu kehidupan bermasyarakat, berbangsa, bernegara, dan kemajuan peradaban berdasarkan Pancasila;
• berperan sebagai warga negara yang bangga dan cinta tanah air, memiliki nasionalisme serta rasa tanggungjawab pada negara dan bangsa;
• menghargai keanekaragaman budaya, pandangan, agama, dan kepercayaan, serta pendapat atau temuan orisinal orang lain;
• bekerja sama dan memiliki kepekaan sosial serta kepedulian terhadap masyarakat dan lingkungan;
• taat hukum dan disiplin dalam kehidupan bermasyarakat dan bernegara;
• menginternalisasi nilai, norma, dan etika akademik;
• menunjukkan sikap bertanggungjawab atas pekerjaan di bidang keahliannya secara mandiri;
• menginternalisasi semangat kemandirian, kejuangan, dan kewirausahaan;

2. Pengetahuan

• teori biologi mencakup kajian biologi yang berkaitan dengan makhluk hidup pada berbagai tingkat organisasi kehidupan;
• metode penelitian biologi yang tepat;
• prinsip dan konsep pengukuran berbasis pada state of the art teknologi untuk analisis dan sintesis sumber daya hayati

3. Ketrampilan umum

• mampu melakukan pendalaman atau perluasan keilmuan biologi dengan menghasilkan model atau metode atau pengembangan teori yang teruji, dan inovatif;
• mampu memecahkan masalah terkait dengan sumber daya hayati melalui pendekatan deduksi dan/atau induksi secara inter- atau multidisipliner;
• mengembangkan keilmuan biologi yang dapat diaplikasikan pada lingkup pangan, kesehatan, bioenergi, dan/atau lingkungan;
• mampu melakukan penelitian di bidang biologi secara mandiri atau berkelompok serta mampu memecahkan berbagai masalah;
• mampu mengelola riset dan pengembangan yang bermanfaat bagi masyarakat dan keilmuan;
• mampu memperoleh pengakuan keahlian di bidang biologi secara nasional maupun internasional.

4. Keterampilan khusus

• mampu mengembangkan pemikiran logis, kritis, sistematis, dan kreatif melalui penelitian ilmiah, penciptaan desain atau karya seni dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi yang memperhatikan dan menerapkan nilai humaniora sesuai dengan bidang keahliannya, menyusun konsepsi ilmiah dan hasil kajian berdasarkan kaidah, tata cara, dan etika ilmiah dalam bentuk tesis atau bentuk lain yang setara, dan diunggah dalam laman perguruan tinggi, serta makalah yang telah diterbitkan di jurnal ilmiah terakreditasi atau diterima di jurnal internasional;
• mampu melakukan validasi akademik atau kajian sesuai bidang keahliannya dalam menyelesaikan masalah di masyarakat atau industri yang relevan melalui pengembangan pengetahuan dan keahliannya;
• mampu menyusun ide, hasil pemikiran, dan argumen saintifik secara bertanggung jawab dan berdasarkan etika akademik, serta mengkomunikasikannya melalui media kepada masyarakat akademik dan masyarakat luas;
• mampu mengidentifikasi bidang keilmuan yang menjadi obyek penelitiannya dan memposisikan ke dalam suatu peta penelitian yang dikembangkan melalui pendekatan interdisiplin atau multidisiplin;
• mampu mengambil keputusan dalam konteks menyelesaikan masalah pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang memperhatikan dan menerapkan nilai humaniora berdasarkan kajian analisis atau eksperimental terhadap informasi dan data;
• mampu mengelola, mengembangkan dan memelihara jaringan kerja dengan kolega, sejawat di dalam lembaga dan komunitas penelitian yang lebih luas; mampu meningkatkan kapasitas pembelajaran secara mandiri;
• mampu mendokumentasikan, menyimpan, mengamankan, dan menemukan kembali data hasil penelitian dalam rangka menjamin kesahihan dan mencegah plagiasi;
• mampu menggunakan minimal satu bahasa internasional untuk komunikasi lisan dan tulis.