Biologi telah berkembang pesat sebagai ilmu dasar yang berperan penting dalam menunjang kemajuan dan perkembangan ilmu yang terkait dengan sistem hayati. Oleh karena itu pakar biologi dituntut untuk berperan dalam memajukan dan mengembangkan ilmu dan teknologi tersebut. Keperluan sumber daya manusia di bidang Biologi yang memiliki kemampuan dan kualitas yang tinggi sangat diperlukan untuk menjawab tantangan tersebut.
Program Studi Magister Biologi Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada diselenggarakan untuk memenuhi kompetensi sumber daya manusia di bidang Biologi. Program ini telah diselenggarakan sejak tahun akademik 1980/1981 yang merupakan bagian dari Lembaga Pendidikan Doktor UGM. Berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdikbud No. 580/DIKTI/Kep/ 1993 tanggal 20 September 1993 Program Studi ini merupakan bagian dari Fakultas Pascasarjana UGM. Tahun Akademik 1994/1995, program ini merupakan bagian dari Program Pascasarjana UGM.
Berdasarkan SK Rektor No. 89/P/SK/HT/2006 tanggal 9 Maret 2006, program ini menjadi Program Pascasarjana Monodisiplin, yaitu Program Studi Biologi yang berkedudukan di bawah Fakultas Biologi UGM.
Hal ini mensinergikan kurikulum program studi di tingkat Sarjana dan Pascasarjana.